Pulau Waigeo adalah pulau yang berada di Papua Barat Daya di bagian timur Indonesia. Pulau ini dikenal juga dengan nama Amberi atau Waigiu. Pulau Waigeo adalah pulau terbesar dari empat pulau utama dari Kepulauan Raja Ampat. Pulau ini berada antara Pulau Halmahera dan Pulau Papua dengan jarak sekitar 65 km barat laut Pulau Papua. Pulau besar sekitarnya adalah Pulau Salawati, Pulau Batanta, dan Pulau Misool. Luas pulau ini 3155 km², dengan titik tertinggi 1000 m. Jarak antara barat ke timur sekitar 110 km, serta utara ke selatan sekitar 50 km. Kota Waisai terdapat di bagian tenggara pulau dan merupakan ibukota dari Kabupaten Raja Ampat.